HTTPS://....로 변경후 문제가..

글쎄요. 개인적으로는 지금 조금 안좋은 상황으로 보입니다.
가장 큰 문제는 도메인.com/xe 를 도메인.com으로 접속하고 보이게 해 놓았다는 점입니다.

그런데 도메인.com 이 /xe로 가지도 않고 지금 도메인.com/xe/home 으로 가게 해 놓았습니다.

이게 몇번 변경도 있었던 것 같구요.

지금 네이버웹마스터도구의 사이트간단체크로 도메인을 입력할 겨우 /xe/home/ 으로 리디렉트 되고 있다고 나와야하는데

이상한점은 그냥 200 OK가 떨어집니다. 서버에서 처리한게 지금 사이트를 못찾게 된게 아닌가 하는생각이 듭니다.

9월 10일 이후로 네이버에서 사이트 문서 저체를 못찾고 색인하지 못하고 있습니다.
네이버웹마스터도구에 rss 제출한 주소가 지금 어떻게 되어 있는지 확인 부탁드립니다.

제가 분석해본 심각한 문제점 입니다.
1.사이트의 XE설치는 최초 서버의 루트디렉토리 아래 /xe 폴더에 설치를 했습니다.

- 가비아 자동설치시 이렇게 설치됩니다. 
2.인덱스의 위치는 /xe 에 있습니다.
3.XE설정에는 당연히 사이트주소를 도메인/xe 로 넣어야 하니 그렇게 넣었습니다.
4.XE설치 후 사이트 접속시 처음 보여줄 첫화면을 /MAIN 으로 만들어 지정했습니다.
5.XE폴더까지 주소에 넣지 않아도 도메인/XE 로 접속되게 서버에서 작업을 하셨습니다.
6.최근 무언가 문제로 /MAIN 을 수정하지 못해 첫화면을 보여줄 페이지를 새로 만드셨습니다.
7.새로 만든 페이지가 /home 입니다.
8.홈페이지로사용할 메뉴로 home이 지정이 안된다고 하셨습니다. 현재도 /MAIN으로 되어 있습니다.
9.누군가에게 요청하셔서 서버에서 도메인을 입력하면 /xe/home 으로 접속하게 하셨습니다.

여기서 문제가 발생합니다.
XE에서 지금 외부로 알리고 그리고 동작하고 있는 사이트의 홈(main)은 /xe/MAIN 입니다. 그런데 강제로 서버단에서 /xe/home 으로 접속되게 처리하고 주소도 도메인까지만 보이게 처리했습니다.

이 상태가 되어서 지금 네이검색엔진이 사이트를 제대로 찾지 못하고 있는 상황입니다.

빠른시간 안에 도메인 접속시 도메인/xe 로만 이동되게 복구해 놓으시고
/xe/home 을 메인으로 사용하지 않으셔야 합니다.
/xe 가 사이트 첫 접속 주소로 제대로 된다면 /xe/MAIN 의 화면이 보이게 됩니다. 이게 정상입니다.

지금 웹마스터도구 보여주신 것 중 사이트 타이틀,내용 등을 못가져오는 문제가 바로 그 증거이고
사이트명으로 네이버에 검색해도 다른 것들이 지금 먼저 나오고 있습니다. 네이버에서 최소한 겹치지 다른 사이트명이 없다면 일치하는 사이트명 사이트가 제일 먼저 나와야 합니다.