레이아웃 수정에 관해 질문드립니다.

html/css공부 중입니다. 대략적인 이론은 알겠고... 이제 실전적용하려는데...

사이트 디자인 설정-> 레이아웃->html/css에다가 소스를 적어도 적용안되는 걸까요?

제일 상단에 div코드를 맞게 넣었는데 페이지에 적용이 안되네요... 페이지에서 페이지 넘어가는 순간,생성한 div가 깜빡이기는 하는데요...

그럼 다운 받은 레이아웃 파일 자체를 수정해야하는 걸까요?

그런데 그걸 수정하려고 해도 파일이 너무 많아서 무얼 수정해야할지 모르겠습니다.

bootstrap이라는 레이아웃을 수정하려고 하는데 

layout.admin.controller

layout.admin.model

layout.admin.view

layout.class

layout.model

layout.view

라는 php파일들과

conf

faceoff

lang

queries

ruleset

schemas

tpi

라는 폴더...

어디에서 수정하면 될까요....?